Якщо за результатами перевірок не підтверджено право на отримання платником податку бюджетного відшкодування, то контролюючим органом складається податкове повідомлення-рішення за формою "В3".
Узгоджена сума збільшення / зменшення від'ємного значення за результатами перевірки контролюючого органу відображається у рядку 16.3 розділу II "Податковий кредит" податкової декларації з ПДВ. Тобто сума ПДВ, в якій відмовлено при наданні бюджетного відшкодування ПДВ, може бути врахована в збільшення значення рядків "Збільшено / зменшено залишок від'ємного значення за результатами перевірки контролюючого органу" податкової декларації за звітний період, на який припадає день узгодження податкового повідомлення-рішення по формі "В3". Така сума може бути врахована платником податків зі знаком "+" в рядку 16.3 декларації з обов'язковим заповненням спеціального поля, де вказуються дата, номер податкового повідомлення-рішення та сума зменшення від'ємного значення за результатами перевірки.
Дана сума враховується при розрахунку суми рядка 17 "всього податкового кредиту" податкової декларації за звітний період і, відповідно, при визначенні від'ємного значення різниці між сумою податкового зобов'язання, а також сумою податкового кредиту поточного звітного (податкового) періоду (рядок 17 - рядок 9 декларації) (позитивне значення) і бере участь в обліку:
- суми від'ємного значення, яка зараховується у зменшення суми податкового боргу з ПДВ та / або підлягає бюджетному відшкодуванню та / або зараховується до складу податкового кредиту наступного звітного (податкового) періоду;
- суми від'ємного значення, яка зараховується до складу податкового кредиту наступного звітного (податкового) періоду (переноситься до рядка 16.1 декларації наступного звітного (податкового) періоду).
Крім того, сума податку, на яку платник податку має право зареєструвати податкові накладні в ЄРПН, – розрахункова сума, визначена за формулою, збільшується на суму зменшення заявки на відшкодування згідно з повідомленням-рішенням за формою В3. При цьому така сума не зараховується на електронний рахунок в СЕА, оскільки таке зарахування ПКУ не передбачено.